根据芝麻的需肥规律，追肥的原则是苗肥早施、花前重施、花期补施。追肥应以氮肥为主，磷、钾肥为辅。
苗期追肥苗肥的作用是促根壮苗，一般在定苗以后，每亩追施尿素2.5~3.5公斤或厩肥1500~2000公斤。如果土壤肥沃、底肥充足，苗肥可少施或不施，底肥差或晚播的夏芝麻田，此次追肥要早施多施。
花期追肥花期追肥可根据情况分一次或两次施入。如果土壤保肥供肥性好，可在初花期一次追施;反之，可在现蕾初花期多施，开花结蒴阶段补施。此次追肥宜早不宜迟，最迟不宜晚于盛花期。
花期追肥一般每亩用尿素5~7公斤或厩肥2000~2500公斤，缺钾土壤还可在初花期撒施草木灰50公斤左右，增产效果也很好。此外，还可在芝麻始花至盛花阶段喷施磷、钾肥，一般每亩用0.2%的磷酸二氢钾溶液50~75公斤叶面喷施，隔5~7天喷1次，连喷2次。
