春季高温多雨利于甘蔗黑穗病发生和流行。宿根蔗田比新植蔗田发病重，宿根年限越长，发病越重。梢头苗做种地较整株做种地发病轻。施氮过多发病较重。
1)施足基肥，注意氮磷钾肥合理配合施用。适时灌水，及时培土，防止倒伏，减少侧芽生长。
2)种苗消毒
带菌种苗用52℃热水浸种18～30分钟，加入25%三唑酮可湿性粉剂或80%喷克可湿性粉剂500倍液效果更好。也可用1：100的43%福尔马林液浸种5分钟，然后用薄膜覆盖闷种2小时。或70%代森锰锌可湿性粉剂1：500倍浸种5～7分钟。也可用3%石灰水浸种24小时。
3)实行轮作。与水稻、玉米、甘薯、花生或苜蓿等作物轮作。
4)增加新植面积，种植无病种苗。从无病区调种。在病区要选留无病株的第一度梢头苗做种。
5)最好在抽出黑穗前拔除病株。抽出黑鞭的要小心剪下放在塑料袋内，带出田外集中烧毁。病田不留宿根，病株残茬也要烧毁。
