为害种子发芽。刚刚发芽的幼苗黄变而枯死。掘查可见，种子腐烂，刚刚发芽的幼芽和根亦腐烂。生长迟缓的植株，接近地面部位及根部呈缢痕状，褐变而腐烂。
病原有腐霉属和丝核菌属两种，二者均同病株残体生存于土壤中形成侵染源，导致种子不发芽、苗立枯和根腐烂。丝核菌属菌在土温20℃以上时发病较多;而腐霉属菌在12-20℃下多发.
在发病田连作，病害严重。播种后气温高、降雨多的年份及夏播型都有较高的发病率。多发病地块，应停止种植菠菜，转作其他作物。连作时，应在播前进行种子包衣处理或消毒土壤。避雨栽培也是有效方法之一。
