1..脐腐 果实脐部变黑变褐，然后腐烂。脐腐并不同脐裂，其危害程度重于脐裂。
发生原因是由于土壤中缺少可利用的钙盐及土壤水分不足，或受某些病害的侵染而形成的一种生理障碍。在防止方法中，主要是增施有机肥料和化学肥料，增强土壤的保水保肥能力，增强钙盐的用量，加强田间管理，以抑制或减少某些病害的发生。
2.畸形果及僵果 畸形果在形状上有变形果、瘤状果和脐裂果3种。发生原因为花芽在低温条件下分化，产生了多个心皮的子房发育形成果实，或因植株营养生长旺盛，造成部分营养器官生长缓慢。防止措施为，花芽分化时气温保持在18-24℃之间，同时加强田间管理，协调好营养生长和生殖生长间的关系，促进果实发育。
僵果的形成，大多由于花芽分化内部的胎座组织在不良的环境影响下，进行正常的发育而形成的一种小果，坚硬、涩重的劣质果。防止方法，创造有利的环境，促进果实发育。
3.裂果及日伤 果皮较薄，果肉内含水量多，在烈日及暴雨的侵蚀下，造成果实开裂使病菌侵入内部，以致腐烂。裂果在形状上有环状开裂和放射状开裂2种。其成因主要是因果实生长前期土壤湿度较小、果实生长缓慢，后期土壤条件适宜、内部组织生长迅速，引起内外组织不相适应而造成开裂。可选用厚皮品种，同时增施有机肥料，保持果实生育期间水分供应均匀。
日伤是因阳光强烈直射引起果皮温度高，烧伤所致。一般应加强肥水管理，增强枝叶繁茂或在强光条件时，覆盖遮阳设备，减少阳光直射果皮。
4.空洞果 果实内部不够充实，果皮和果肉分离，种子腔空洞。其形成原因多为受精不良及管理中氮肥用量多或因为激素用量用法不当，或阳光及温度不适等多种原因造成的。可采用合理的方法加强田间水肥气光热的管理，合理地应用激素并协助花器受粉。
5.着色不良 番茄着色不良表现在果皮组织中出现绿色、黄色斑块及内部变黑变褐。按形成部位分为绿肩、污斑及生理褐心。产生原因由于品种使用不当，结果期间果实遇高温及强光直射果实或少数病菌侵染。防止方法是选用抗性品种，加强肥水管理，增施有机肥料，促进枝叶生长，避免果实暴露在强光条件下，并及时做好病虫防治及病害侵染。
