蒜蛆以幼虫危害播后的种子，取食胚乳或子叶，引起种芽畸形、腐烂而不能出苗。或从幼苗根部蛀入，向上蛀空幼茎，使幼苗死亡。较大的植株受到种蝇危害，虽不一定死亡，但明显矮化，而且易受其他病菌侵害而发病。在留种株上危害根部，引起根部腐烂或枯死而造成减产。因此作为主要的防治害虫进行预防和治疗。
在播种前或播种期，选择1%阿维菌素颗粒剂或毒死蜱颗粒剂等进行毒土处理，再进行播种，或者播种时选择60%吡虫啉悬浮拌种剂进行拌种(此方式内吸性趋避地蛆，防治效果明显)。
田间发现蛆害植株时，可用2.5%高氯或者百树菊酯600~800倍液或者52.2%毒死蜱·氯氰1200倍或22%毒死蜱·吡虫啉1000倍液灌根防治，雨前灌根效果更佳。
甲壳素为一种新型肥料，主要是自然界中含量仅次于纤维素的一种多糖类高分子化合物, 在自然界中广泛存在于虾蟹等甲壳动物的外壳、昆虫表皮以及许多真菌的细胞壁中,也是地球上除蛋白质外数量最大的含氮化合物。且甲壳素具有无毒可降解的优点，具有良好的应用前景。甲壳素在农业上的应用日趋广泛，可作为土壤改良剂、植物病害诱抗剂、保湿剂，以及植物生长调节剂，还具有植物保护的作用。甲壳素在大蒜上使用，能够显著提高大蒜的产量和质量，但纯甲壳素肥不能够用于杀死地蛆，只能提供中微量营养物质，保证大蒜的产品和品质。
