①出菇密，丛生，菇盖不圆整，菇柄着生位置不规则。
②菌丝集结成团，分划不出柄和菇盖。
③菇柄过粗或菇盖畸形，盖小或无盖。
①品种选择不当。如海拔高的山区，应选中、低温菌种为宜。若误用高温型菌种，冬季菇蕾一出现，遇低温便萎缩不长，形成"松果菇"。香菇菌株已生理成熟，在不适宜的季节环境下勉强出菇，常长出与种性不相符的子实体；有的菌株如原为椴木栽培菌株，适应在含氮量很低的椴木中出菇，在木屑、麦皮等含氮量高的培养基中造成生理障碍常出畸形菇。
②发菌管理不当。在菌丝体培育期间，如果发菌室光照过强，靠近窗口的菌袋原基提早形成，袋内菇蕾早现，受袋壁挤压，无法正常伸展。因此，脱袋后第1批菇容易出现畸形。
③脱袋转色不合标准。有的菇农单凭菌龄，而未掌握菌丝成熟的条件。因此，脱袋转色差，菇态畸形。
④菌筒浸水不适宜。早熟品种一般出菇2-3批后，菌筒水分下降，需浸水补液。但有的菇农采用的是晚熟品种，也跟着浸水（此时正是晚熟品种处于形成原基时期），一遇水分刺激，迫使原基提早分化，只长菌柄，便形成了"蜡烛菇"。
⑤控湿保温不合理。冬季气温低，菇床上薄膜罩不严，受寒风袭击，正在生长的菇蕾就萎缩干枯成畸形；相对湿度低于70%时，则会出现菇柄柔软或空心。
⑥除部分遗传原因外，假菇主要由原基形成部位过深，大量养分消耗于菇柄生长或者脱袋时气温过高所致。
⑦割袋不及时。用不脱袋出菇栽培方法，容易因菇蕾产生后，割袋不及时，使菌袋压迫菇蕾，造成菇蕾畸形。
⑧环境不适。在香菇原基分化的过程中，出菇场二氧化碳浓度过高；光线太弱；空气相对湿度过高；菇蕾产生后遇到菌袋压迫；机械碰伤等因素都容易出现畸形菇。
⑨生理不成熟，配方不合理，氮素含量过高，通风不良，品种不好，棚内长期处于低温。
①了解菌性，防止引种失误。栽种前，首先需弄清菌种特性，选用经严格出菇试验、保持优良种性的菌种，以此安排接种季节，推算预定的接种时间。不要使用不明种性的菌株，而应选用已驯化成熟或选育成功的香菇菌株。根据菌株的温型特性和栽培地的气候条件，合理准确地安排好生产季节。
②了解菌丝成熟特征，防止盲目脱袋。脱袋过早，菌丝未达到生理成熟，变异菇就多。菌丝生理成熟应掌握"一个菌龄、三条标准"。"一个菌龄"即从接种之日起，经过60天左右；"三条标准"是，袋内瘤状突起的泡沫菌丝占整个袋面的2/3，局部出现棕褐色；手握菌袋有松软弹性感，此时脱袋才适宜。常规菇脱袋时间宜在气温连续3 d（天）低于16℃时进行。
③掌握转色规律，防止温度失控。转色期间要注意气温变化，头3天在25℃以内，菇床上的盖膜不必揭开通风。在正常情况下，12天转色结束，3天后出现第一潮菇。转色时，要求温度不能低于12℃，不能高于25℃，出菇期的最佳温度为15℃。
④掌握变温原理，防止温差刺激不够。变温适当，出菇多，形态好，无畸形菇。正确的变温法是白天用薄膜罩住菇床，晚上12时后揭开薄膜1小时，使日夜温差在10℃以上，菇蕾大量发生。要求在转色后连续变温3-4天。
⑤及时适量浸水，防止水分过高过低。菌筒含水量低于40%时，出菇难，小形菇多。一般以菌筒的重量比原来下降30%时，可进行浸水，以吸水后达到制袋时重量的95%就足够了。若吸水过饱，易造成菌丝呼吸困难，影响正常长菇。
⑥菌丝生理成熟后再催菇。催菇方法要适当，防止偏干偏湿。每采完一批菇后，必须揭膜通风6-7天，使菌丝吸足氧气，以恢复生长能力，然后转入喷水保湿，干湿交替，催促下一潮菇蕾发生。不要在菌丝尚未成熟的时候，采用如“惊蕈”等办法强迫菌筒出菇，搬运发好菌、生理成熟即将出菇的菌棒时应减少震动。
⑦适时采收。防止过熟。可在菇盖有卷边、菇柄适中时采收。一般每天采菇1次，但春季产菇高峰期，有时每天要采菇2次。
⑧第1潮菇的催菇应视品种和菌棒含水量而定，容易出菇的品种提倡自然出菇，不需催蕾。不易出菇的品种或含水量不足的菌棒，通过浸水软化菌皮，以利出菇，而不应采用注水的办法。不易出菇但含水充分的菌棒，可结合最后一次刺孔增氧达到催蕾的效果。
⑨培养基配方严格按照合理比例，切勿含氮量过高，碳氮比要合理。增大碳素比例。出菇阶段一般是60：1。
⑩出菇场所的环境条件尽量满足香菇子实体生长发育的需要，尤其是光线、通气、空气相对湿度等条件。加强通风，增加光照，保证适宜的温度。
常见畸形菇的主要表现及防治措施
①菌盖小而薄：表现为菌盖既薄又小，即使菇龄较长也无法长大，鲜食时没有香菇的特殊香味；其发生原因一是没有完成转色，花菌袋或白菌袋即进行出菇；二是基料营养明显不足；三是生长的温度偏高。防治办法：没有转色的菌袋，一定要调控条件进行转色；如果基料营养不足，则可在浸泡菌袋时予以适当补充，也可采取“叶面施肥”的办法，比如喷洒食用菌三维营养精素，即可有效加厚菌盖厚度；夏季气温较高，应采取有效的降温措施，如果采用“水冷空调”，效果较好。
②菌盖灯罩形：菌盖呈尖头的灯罩形状，并且明显薄，商品质量严重下降。主要原因与上述相同，因此，可参照上述进行防治。
③菌盖波浪形：菌盖边缘呈较规则的波浪形状，亦明显较薄、较脆。发生波浪形主要与幼菇发育阶段接受了较大温差的时候，同时环境的湿度变化亦很大，尤其当大水直接喷淋于菌盖时，很快就有较大风流吹过，而使得菌盖组织发育不正常。防治办法是发生菇蕾后，应保持较平和的温度和湿度，尤其夏季反季节栽培时，菇棚的温度往往是决定子实体能否正常发育的基本条件。
④菌盖不周正：具体表现为菌盖别三扭四，或狭长、或三角等等，总之，不圆整是其主要特征。发生原因主要是幼蕾阶段没有及时切开塑膜，使其菌盖直接顶到塑膜上接受了一定的摩擦，或者菇蕾发生比较多，没有及时疏蕾处理，待长至幼蕾阶段，菌盖分化后挤在一起，只要幼时菌盖受挤压，则永远不会再重新圆整。防治：及时割膜，并进行疏蕾处理，一般只选1～2个幼蕾，勿使过多。
⑤菌柄空心：菌柄细长、空心，导致菌盖也很小，主要是基料含水率过低以及空间湿度太小等原因所致。防治措施：每采收一潮后，即应进行泡袋处理，一般浸泡24小时即可使之恢复原重，保持菇棚空气湿度在85%以上。
⑥菌柄从裂缝中长出：菌袋含水率过低时，基料开裂，形成狭长的裂口后，即可有子实体从裂口内长出，有的甚至没有完全钻出来，菌盖就在裂口内长大，最终也无法实现其商品价值。防止办法是坚持菌袋浸泡处理，不使其形成裂口。
⑦菌柄扭曲：菇棚空气湿度偏低、光照较强或光线角度变换过频时，易发生该现象。防止办法是保持相对稳定的空气湿度，并保持较稳定的光照，一般要求有1000勒克司的散射光即可满足。
⑧蜡烛菇：蜡烛菇的特征就是光秃秃的菌柄上，没有正常的菌盖组织，形似蜡烛。发生原因，一是菇蕾阶段菌盖组织受损，二是棚内二氧化碳浓度过高。防止措施：及时割膜；疏蕾时注意不要伤及欲留蕾；坚持较好的通风，保持棚内较清新的空气条件。
⑨香菇团块菇：自原基阶段即为小团块状，单生，不能分化，近无柄，至成熟时整个团块较松软，没有正常的香菇香味，无商品价值。防治措施：彻底解决种源问题。尤其分离菌种和外引菌种时，一定要做出菇及品比试验，否则，不得用于生产。有技术条件的应对菌种进行脱毒处理，或引进脱毒菌种后进行扩繁。
⑩香菇连体菇：如同连体动植物一样，或是两个菌盖相连，或是两个菌柄相连，属典型的畸形菇，严重影响产菇数量及其商品价值。防治措施：对菌种进行脱毒处理，彻底解决种源问题，以保证生产效果。严格配料，不过多使用某些辅料，尤其某些不明成份的辅料，应禁止应用于生产。管理工具如喷雾器等，最好能采取专用设备，尤其喷雾器如用作大田喷药后再用于菇棚时，必须严格清洗，并使用碱性溶液如肥皂液、洗衣粉之类冲刷2遍，再用清水充分清洗后才能用于生产。
(11)大脚菇：对于高温型品种如果制筒较迟，出菇时遇低温影响而形成。防治方法是根据选用的品种对温度的要求，合理安排栽培季节。
(12)空心软柄菇：菌筒失水严重，空气湿度偏低，气温偏高，幼菇脱水而形成。防治方法是每采完一潮菇后应及时浸水处理。
(13)螺盖菇荔枝菇：高温型品种生理尚未成熟而又在低温条件下进行催蕾出菇、低温型品种在生理尚未成熟时又在高温环境下催蕾出菇、培养基中氮源添加过多等都易产生畸形菇。预防方法是严格掌握品种的温型特点，安排好接种和出菇期，摘掉螺盖菇，养护好菌丝体，待气温、菌龄等条件适宜时立即进行催蕾出菇。
(14)葡萄菇：对于小叶品种，若麸皮添加过多或因拌料不均匀使麸皮等偏于袋的某一局部而形成。防治方法：配料合理，拌料均匀。
(15)拳状菇：装袋料松紧不一，料内供氧不均匀，打穴接种太深等而形成。防治方法是改装、修理装袋机，使之吐料均匀，装袋手握袋时要用力均匀，促使装料松紧一致，打接种穴不要过深，一般为1~1.5厘米。
(16)长柄菇、偏角菇：当菇棚内过分潮湿，出菇时遇高温气候，菌筒排放过密，光线太弱，二氧化碳浓度过高等而形成。克服办法是菇棚内挖沟排水，菌筒适当摆稀，加强通风。
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