苹果干腐病是真菌引起的病害。病菌在病枝干上越冬，翌春产生孢子随风、雨传播，从伤口、枯芽和皮孔侵入，病菌具有潜伏侵染的特性，侵入后先在伤口死组织上生长，再向活组织蔓延。发病盛期在6～8月和10月。 干腐病发生的轻重与气候、果园土质和管理水平以及品种有密切关系。一般干旱年份发病重;冬、春干旱，失水较多的幼树在早春可暴发成灾。地势低洼，土质瘠薄及管理粗放的小树、幼树及衰老树易发病。苹果品种以金冠、国光、富土等易感病;红玉、元帅、鸡冠、祝光等发病较轻。
防治措施：
(1)加强幼树管理。新定植苗应及时灌水，雨季防涝，不宜秋施氮肥，9月初应打顶芽，使幼树健壮生长，增强抗病能力。
(2)药剂保护。晚秋、早春应检查幼树枝干、根颈部位，发现病斑应及时涂药防治。药剂防治，应在栽植时严格汰除病苗的基础上，以春季喷铲除剂为主，然后刮治。可用40%福美砷可湿粉100倍，或3度石硫合剂。如混有粗皮病斑可用石硫合剂掺65%五氯酚钠100～200倍。定植苗不宜刮皮，可用利刀切划竖道，切开树皮，增加渗药量。
(3)树上喷药。正常年份第一遍药应在落花后10天开始，不宜拖延。病菌有潜伏侵染、积累病菌最发病的特点，应综合考虑多病合治，每15～20天一遍药，直至8月中旬。可选用70%代森锰锌可湿粉500～800倍，或40%多菌灵胶悬剂800～1000倍、50%退菌特可湿粉500～600倍等。果龄40天以内的幼果不宜喷波尔多液，以防果锈，可喷锌铜波尔多液(硫酸锌：硫酸铜：石灰：水为0.5：0.5：3：240)。采收前喷多菌灵，对贮藏期减轻病情有一定效果。一般情况打波尔多液(1：3：200)。
(4)清除菌源。不用苹果和杨柳枝做撑棍，及时拣净落果、清除残枝，于园外销毁。
