甜菜丛根病病毒主要集中在根部为害。发生数量多于BNYVV病株，我国内蒙古、东北及新疆甜菜产区主要是黑色焦枯型丛根病。是由长针线虫传播的一种土传病害。该病基本症状为根毛坏死，次生侧根、根毛异常增生或陆续坏死，大量次生侧根和根毛成团集结，块根、侧根剖面维管束有黄褐色条纹，且地上部症状多变。
1)轻病区实行4年以上的轮作，重病区坚持轮作10年以上。避免重茬。避开病地采种。适期早播，增施磷肥。
2)对黑色焦枯型丛根病则应从杀灭传播该病的长针线虫入手。意大利、法国、日本用氯化苦、溴甲烷消毒土壤也有效。
3)由BNYVV病毒引发的坏死黄脉型、黄化型和黄色焦枯型甜菜丛根病，甜菜多粘菌侵入甜菜根部前有一段时间游动孢子暴露在寄主体外，受外界条件影响很大，是防治该病的有利时机，提倡在纸筒育苗时用未经感染的pH6的土壤育苗。
4)及时清除农田杂草，尤其是藜科杂草。
