一、贮瓜的准备。冬瓜含水量较高，嫩瓜及过分成熟的瓜都不宜贮藏，所以贮藏的冬瓜要求九成熟，皮厚，肉厚，质地致密、品质较好，表面青皮发亮，布满蜡质的品种。贮藏的瓜不能遭霜打，在生长期间应在瓜下垫砖或吊空，并防止日光曝晒，采收前1周不准灌水。冬瓜在入库之前要严防雨淋。采收时要留3-5厘米的瓜秧。选择天气凉爽时早晨用剪刀剪摘。为防止瓜与瓜碰撞产生机械伤害，造成微生物侵染，用报纸包冬瓜。搬运过程中应轻拿轻放，严防擦伤、碰伤，特别注意应严防抛落、滚动现象，以免造成冬瓜内部损伤，给入库贮藏造成较大隐患。
二、适贮的条件。冬瓜喜温耐热，属冷敏性蔬菜，贮藏适宜条件：温度为10-15℃，相对湿度为70-75%，且通风良好。冬瓜存放在10-15℃左右，可保存数月;冬瓜不耐低温贮藏，低于10℃往往会发生冷害。但贮存温度过高，则呼吸速率加快，组织很快松软，病原菌繁殖迅速，贮存期不长。
三、贮窑的准备。贮藏窑库建造多以半地下方式，即建造窑室高约3.6米，地表上下面各建造1.8米，四周设有窑库窗，前后左右对开，以便于通风、换气。贮藏窑的大小根据所贮冬瓜的数量决定。这种结构的建造，具有恒温性高、凉爽、通风简便、干湿度易控制的优良特点。在准备进行冬瓜入库前2-3天应全面进行库内消毒灭菌处理，方法是：以高锰酸钾烟雾熏蒸窑库密闭处理以后，并把库温降至13℃。再将需要贮藏的冬瓜入库。
四、冬瓜的摆放。选择已经过严格挑选的大小一致、整齐、无破损的成熟冬瓜于库内堆贮或架贮，最好使用架藏，单层摆放。架贮冬瓜因通风较好，相应比堆贮的要好，但架贮冬瓜也应在贮存架上先垫铺干草等柔软通风材料，然后再将冬瓜摆上去。采取堆放时，堆贮的冬瓜应先在库底垫上干草或草帘，然后在上面摆放冬瓜，一般不超过3层，以免压伤损坏，堆放时要留出通道，以便检查。在摆放过程中，主张冬瓜"地里怎么长，窖里怎么放"，即根据冬瓜在田间生长时的状态进行相同的状态摆放，切不可错置，因为瓜瓤已适应其重力作用方向，贮藏时保持原有的重力方向，瓜瓤不易产生裂伤，贮藏时间便可以更长一些。
五、贮藏的管理。冬瓜入贮24小时以后，待瓜温降至13℃左右时，用蔬菜保鲜烟雾剂熏蒸处理，用量为5克/立方米。保鲜剂处理后，要将库温定至13-15℃。相对湿度70%左右。为防止贮藏库过度潮湿，要在地面撒一层石灰粉。冬瓜刚入库时，应注意加强通风，既有利于散热降温，又可排除潮气，降低环境湿度，保持库内干燥状态。只要库外温度不超过15℃，就要连续不断地通风，若外界气温高，每天只在清晨和傍晚与外界通风。当气温低于10℃时要注意保温，绝不能使库温低于10℃。贮藏2个月后，要进行第2次保鲜剂(果蔬烟雾剂)处理，用量仍然是5克/立方米，这样可大大增强防腐保鲜效果。
六、剔除病瓜。贮藏期间要注意查窖，随时将松软发霉腐烂的冬瓜检出地窖，防止病菌传播。同时将病冬瓜周围的冬瓜检出单独存放，并做好消毒处理。冬瓜贮藏期，只要能掌握好温、湿度环境条件，一般均可贮藏3-4个月或更长时间。
