辣椒根腐病多发生于定植后。发病初期，病株枝叶特别是顶部叶片稍见萎蔫，傍晚至次日早晨恢复。症状反复数日后，叶片全部萎蔫，但叶片仍呈绿色。病株的根茎部及根部皮层呈淡褐色及深褐色腐烂，极易剥离，露出木质部。横切茎观察，可见微管束变褐色，后期潮湿时可见病部长出白色至粉红色霉层(病菌分生孢子)。
辣椒根腐病是一种土传病害。随着保护地种植面积不断增加，轮作倒茬减少，病害发生日趋加重。辣椒根腐病的病原菌为腐皮镰孢菌，其在土壤里可存活10年以上，传播渠道主要靠肥料、工具、雨水及流水传播。
防治方法
1.选无病土育苗若苗床带菌，可用恶霉灵可湿性粉剂3000倍液、抗枯灵可湿性粉剂600倍液，每平方米泼药液6千克进行土壤处理。
2.合理轮作辣椒根腐病是一种土传病害，为减少土壤中病原菌数量，有条件的最好进行水旱轮作，或者与非茄科蔬菜轮作至少8年以上(烟台宫家岛观察：轮作8年发病率仍为10%以上)。
3.加强栽培管理据调查，同一块地高垄栽培比低垄栽培明显发病轻;用塑料薄膜覆盖发病轻。因此，灌溉时尽量不要大水漫灌，有条件的可进行滴灌并及时增施磷、钾肥，可以增强抗病力。
4.药剂防治(1)定植时用抗枯灵可湿性粉剂600倍液、恶霉灵可湿性粉剂3000倍液浸根10～15分钟，防效较好;或用多菌灵、抗枯灵制成药土(每平方米用药10克，1/3下垫，2/3上盖)。(2)定植后浇水时，随水加入硫酸铜溶入田中，每亩用量为1.5～2.0千克，可减轻发博(3)定植缓苗后，开始灌第一次药(不管田中是否发病)，每株250毫升，每7天1次，连灌3次。由于根腐病是土传病害，一定要提前灌药、预防，如发病后再用药，效果甚微。药剂可用恶霉灵可湿性粉剂3000倍液或抗枯灵可湿性粉剂600倍液
