1.温度：番茄属喜温性蔬菜，白天可维持温度在27℃左右，夜间温度在17℃左右。为维持番茄秋冬季育苗时所需温度，要使用大棚、温室等保温设施育苗。天气变冷时，一定要注意做好保温措施，可加盖小拱棚，在拱棚上覆盖草苫子等。幼苗在移栽前，还应进行适当的低温锻炼。
2.光照：番茄为喜光性蔬菜，光照强度增强有利于提高其光合效率。但是，秋冬季大棚育苗时天气逐渐变冷，为维持棚内温度，常常会覆盖棚膜甚至加盖其他覆盖物。也正因此，对培育健壮的幼苗有一定的影响，所以在白天天气晴好时要适当增加光照时间。为加强光照透过率，增强光照强度，要定期对棚膜进行清洗，清除棚膜上的杂物。
3.湿度：番茄根系发达，有一定的抗旱性，注意控制好湿度。幼苗期，土壤水分含量不可过高，否则易引起烂根，也不可过低，影响幼苗的生长，以保持表层土壤干，下层土壤湿为宜。
4.病虫害防治：苗期主要病害有猝倒病和立枯病。除加强管理，培育壮苗外，还可通过放风、减少浇水次数和创造适宜的苗床温度等措施，防止病害的发生。发现个别病株应立即拔除。病害的防治以防为主，在幼苗出齐后用50%多菌灵400倍液、75%百菌清600倍液、独杀1000～1500倍液进行喷药防治，每隔7～10天喷1次，连喷2～3次。农药最好交替使用。
5.补苗、移栽、炼苗：番茄一般在播种7-9天后就可出苗，若发现出苗量少，应及时补苗。育苗时若采用苗床育苗或一穴多苗的育苗方法，在幼苗长出3-4片真叶时，及时分苗。幼苗长至8-9片叶，第一花穗开始分化时，进行定植。
