番茄枯萎病主要危害根茎部，主要表现为成株期。成株期发病初始，叶片在中午萎蔫下垂，并有下而上变黄，而后变褐萎垂，早晚又恢复正常，叶色变淡，似缺水状，病情由下向上发展，反复数天后，逐渐遍及整株叶片萎蔫下垂，叶片不再复原，最后全株枯死。横剖病茎，病部维管束呈褐色。湿度高时，死株的茎基部常布粉红色霉层，既病菌的分生孢子梗和分生孢子。
发病规律：病菌以菌丝体和厚坦孢子随病株残余组织遗留于土中越冬，也可以在土中进行腐生生活达多年。病果种子也能被感染，菌丝即潜伏在种子上过冬。番茄苗移植时，如根部或茎部受伤，土壤中病菌即从伤口侵入，后在植株的维管束内蔓延，并产生五种有毒物质，称为番茄凋萎素。这种有毒物质随输导组织逐渐扩散，因而引起叶片发黄。播种带病种子，也可引起幼苗发病。
1移栽前或收获后，清除田间及四周杂草，集中烧毁或沤肥;深翻地灭茬、晒土，促使病残体分解，减少病源和虫源。
2育苗的营养土要选用无菌土,用前晒三周以上;
3和非本科作物轮作，水旱轮作最好。
4选用抗病品种，选用无病、包衣的种子，如未包衣则种子须用拌种剂或浸种剂灭菌。
5育苗移栽，播种后用药土覆盖，移栽前喷施一次除虫灭菌剂，这是防病的关键。
6选用排灌方便的田块，开好排水沟，降低地下水位，达到雨停无积水;大雨过后及时清理沟系，防止湿气滞留，降低田间湿度，这是防病的重要措施。
7土壤病菌多或地下害虫严重的田块，在播种前撒施或沟施灭菌杀虫的药土，
8施用酵素菌沤制的堆肥或腐熟的有机肥，不用带菌肥料，施用的有机肥不得含有本科作物病残体。 9采用测土配方施肥技术，适当增施磷钾肥，加强田间管理，培育壮苗，增强植株抗病力，有利于减轻病害。。
10及时防治害虫，减少植株伤口，减少病菌传播途径;发病时及时清除病叶、病株，并带出田外烧毁，病穴施药或生石灰。
11嫁接防病，用野生水茄、毒茄或红茄作砧木，栽培茄作接穗，采用劈接法嫁接，确有实效。
