番茄种子的质量主要取决于种子饱满度、发芽率、发芽势和种子纯度。
(1)饱满度 也就是种子的饱满程度。一般用千粒重来表示，即1000粒种子的质量(克)。千粒重越大，说明种子越饱满。一般番茄种子的平均千粒重为3.1克左右。
(2)发芽率 是指样本种子中可发芽种子的百分数。番茄种子的发芽率要求达到90%以上。
(3)发芽势 指规定天数内发芽种子占供试种子的百分数。它是种子发芽速度、整齐度和发芽集中程度的量化指标。番茄种子发芽势测定规定的天数为5天。
(4)种子纯度 指符合本品种特征的株数占鉴定总株数的百分数。番茄种子的纯度要求达到95%以上。杂交种分为一级种和二级种。一级种子纯度不低于98.0%，二级种子纯度不低于95.0%。
