正确进行激素处理 慎重使用生长调节剂，在苗期特别是花芽分化期间(2～6片叶)，应尽量避免使用矮壮素、乙烯利等可以促进番茄产生畸形果的植物生长调节剂。定植后，为促进坐果，要对番茄的花进行激素处理，处理时要掌握正确的方法，尤其要注意处理第一花序的药剂浓度。由于环境原因，第一穗果畸形果发生率高，且第一花序耐药性差，因此，在适宜的温度下，应使用低浓度药液蘸花，蘸花应在晴天上午10：00以前，下午15：00以后，植株无露水，棚内温度为18～ 20℃时进行。蘸花常用的生长调节剂有 2，4-D( 10～20毫克/升)，番茄丰产剂2号(10毫升装，加水稀释50～70倍)。不能重复蘸花或一朵花蘸的药液过多。花蕾和未完全开放的花不能蘸。蘸花后，要及时增加肥、水，以保证果实正常生长发育。
疏花疏果 发生畸形果后要及时摘除，以利正常花、果的发育。一般花序的第一朵花易产生“鬼花”(即重合花)，应结合蘸花把其疏掉，可减少畸形果的产生。
品种选择 选择耐低温、弱光性强，果实高桩形、皮厚、心室数变化较小的品种，畸形果发生少。而果实扁平、皮薄，心室变化较大的品种易发生畸形果。目前，常用的品种有L-402、西粉903、毛粉802、中蔬5号等，均属于畸形果“低发型”品种，产生裂果的量也少。
加强温度管理 幼苗花芽分化期，尤其是2～5片真叶展开期，即第一、二花序上的花芽发育阶段，正处于低夜温诱发畸形果发生的敏感期，应确保这一时期的夜温不低于12℃，一般夜温控制在12～16℃，白天温度25～28℃，以利于花芽分化。定植后，白天温度保持在25～28℃，夜晚16～ 20℃。定植时间不宜过早，一般要在最低温高于10℃时再定植。定植过早，温度忽高忽低，或夜温过低，温差大，皆可阻碍根系正常吸收硼、钙，易产生畸形果，同时也容易产生裂果。
加强水肥管理 避免苗期营养过剩，每10平方米的苗床施70～80千克优质土杂肥，0.4～0.5千克复合肥即可。如果苗期氮素营养过多，特别是在低温条件下，植物生长受到抑制，使输送和储藏到花芽的养分增多，细胞分裂旺盛，形成更多的心室，从而形成较多的畸形果。育苗期间，避免土壤过干过湿，在适宜的温度条件下，土壤过干会导致幼苗生长缓慢，花芽处积累大量物质，使子房心室数增加，而在低温条件下，过湿可能会影响幼苗对钙的吸收，两者皆可导致畸形果的大量发生。因此，在低温季节育苗，应尽量减少浇水量，而在适温或高温的条件下育苗，应尽量多浇水。定植时浇足、浇透定植水，缓苗后浇一遍小水，开花坐果前，再浇一遍小水(俗称跑马水)，第一穗果鸡蛋大小时，再浇坐果水，以后保持不干不湿。避免灌水过多。定植后采取配方施肥技术，避免偏施、过施氮肥，适量增施磷、钾肥。适时喷施宝多收、叶面宝、光合微肥、尿素、磷酸二氢钾等叶面肥或含硼、钙的复合微肥。
