出现雨水进棚后，首先要进行药剂灌根，防根部病害的发生。可用蔬菜移栽灌根灵1亩3瓶冲施，上面喷施细菌必清300倍液，3-4天一次，连喷2-3次。最好是叶面喷雾和灌根同时进行，以便在雨后控制住这些侵染性病害的发生和蔓延，减轻死棵现象的发生程度。
番茄坐果、膨果期，正处于对水分和养分的需求旺盛期，需要根系吸收足够的水分和养分来供应植株的需求。而雨水进棚首先导致根系的呼吸和吸收功能下降。因为雨水的温度低于土壤温度，雨后番茄根系受冷,细胞收缩或爆裂，吸收作用受到抑制。所以雨水进棚后植株容易出现萎蔫，特别是雨后骤晴，光照强度大、蒸腾作用旺盛时，致使番茄植株表现出急性萎蔫的症状。
雨水进棚后，棚内的空气湿度和土壤湿度都很大，造成棚内出现“内涝”现象。晴天后棚内高温潮湿的环境非常有利于病害的发生和蔓延，例如疫霉根腐病、青枯病等根部病害及细菌性软腐病、疫病等。由于病害的感染，导致番茄死棵现象较重，应加强防治。
