菌种老化、菌种培养料含水量过低，以及制种去杂不严等都容易引起大面积的菌棒污染杂菌。因此，生产中一定要选择技术等级高、信誉好的制种单位生产的菌种，同时还要根据生产安排，搭配选用不同菌龄的菌种。一般要求接种时控制菌龄在40～60 d之间，这样的菌种萌发力和抗杂菌侵染力都比较强。在确定生产用的优良品种以后，菌种是否被杂菌污染则是优质菌种最基本的条件。优质菌种可采用目测和培养的方法来确定。凡菌丝粗壮，打开瓶塞具特有香味，可视为优质菌种。有条件的，还应抽样培养，同时还可检查菌丝生活力。
木屑、麸皮霉变和塑料菌袋抗拉、抗压强度不够导致破袋，以及使用假劣多菌灵、酒精、福尔马林等消毒药品是造成香菇菌棒污染杂菌的重要原因。因此，在备料时要把好关，严格选用优质新鲜的无霉变的原辅材料。同时，原辅材料在贮藏期间，应妥善保存，防止霉烂变质。
香菇是低温变温性结实菌类，应根据香菇菌丝生长和子实体发生对温度的要求，科学安排接种季节。盲目提早制棒，在高温的影响下，极易感染链孢霉、绿霉、青霉和曲霉等杂菌。所以，要根据各地实际情况，因地制宜安排制棒适宜季节。一般日平均气温稳定在28℃以下，即可开始制棒（接种以日平均气温稳定在25℃左右时为最好）。同时，在确定制棒时间后，实际生产中还应注意避开高温和阴雨等恶劣天气，夏季气温偏高时，接种时间应安排在午夜至次日清晨。因为在高温、阴雨天气制棒，极易造成杂菌污染，其感染率一般要比晴天高出1倍以上。
塑料袋应选择厚薄均匀、无沙眼、弹性强、耐高温、高压的聚丙烯塑料袋；培养料切忌太湿，料水比掌握在1∶1.1～1.2；装料松紧适中，上下表内一致；两端袋口应扎紧，并用火焰熔结，在高温季节制菌袋时，可用1∶800倍多菌灵溶液拌料，防治杂菌。
培养料偏干会导致菌丝生长缓慢，且会明显影响菌棒转色菇和脱袋菇产量；偏湿，菌棒又极易污染杂菌。故制棒时要严格控制培养料的含水量。据多年实践证明，一般培养料的料水比掌握在1：(0．90—0．95)为宜。
培养料先经堆制发酵，利用多种高温型微生物所产生的生物热杀死害虫和中低温菌类，减少污染源。配制后的培养偏酸性，适于各种微生物生长与繁殖，所以应尽量在 5小时内装完毕。
灭菌要彻底，杜绝夹生料。许多常压灭菌灶，因不使用格层，菌棒紧密排放，加上菌棒受热后变软，菌棒间更为致密，造成棒堆中部热力难于穿透，以致灭菌往往不彻底。有的灶体漏气或设计不合理，也常导致灭菌不彻底。因此，灭菌灶结构要合理，灶体内应设置格层，同时，在摆放菌棒时，要有意识地留有间隙，使蒸气顺达、压力均匀，以达到彻底灭菌的目的，此外灭菌灶第1次启用之前，应先行升火试灶，检查灶体是否漏气，并注意尽可能缩短从制棒到进灶灭菌、点火至上升到100℃的时间，以提高灭菌效果。
接种室应严格消毒；做好接种前菌种预处理；接种过程中菌种瓶用酒精灯火焰封口；接种工具要坚持火焰消毒；菌种尽量保持整块；接种时要避免人员走动和交谈；及时清理接种室的废物，保持室内清洁。
接种消毒不当以及接种的时机和接种程序等安排不妥，都极易造成杂菌的污染。许多菇农在进行接种室消毒时，往往都使用超量的福尔马林，这一方面会明显地提高接种室的湿度，另一方面也使接种室内空气中福尔马林浓度过高，接种人员因难以忍受而敞开门窗，极易引起杂菌污染。因此，进行接种室消毒，应按空间体积严格控制消毒剂用量(每立方米空间使用10ml福尔马林和5g高锰酸钾)，并可在接种前15min，用浓氨水中和空气中的福尔马林。同时，接种时应避开高温阴雨天气尽量选在晴天晚上气温较低时进行。此外，接种时还应根据接种室大小和菌棒数量多寡，合理安排接种人数及接种程序，方可保证接种在尽可能短的时间内完成。因为接种人员多、时间长会使接种室内温湿度急剧上升，从而大大增加杂菌侵染的机会。
许多菇农在进行香菇发菌培养时，往往采用蘑菇前期密闭发菌方法，以致造成严重的杂菌污染。香菇菌丝体培养阶段要求室内光线弱并阴凉通风，因此，生产菌棒数量应根据培养室面积大小决定，一般生产1000筒菌棒要求培养室面积15 m2左右。培养室过小，必然造成菌棒堆叠过紧过高，棒堆中因菌丝生长释放出的热量和水汽不易散失，从而极易引发大面积感染杂菌。在菌棒堆叠时，宜按“#”或“△”型堆叠，同时，更应注意的是，不管接种洞口有否粘贴胶布(纸)，堆放菌棒时都要避免接种洞口被堆压。否则，必有大量的水汽在洞口凝聚，这样极易滋生杂菌。培养室通风条件较差的可安装排气扇，以加强通风。
杂菌发生快慢和轻重，在很大程度上取决于各种环境因子，特别是香菇栽培块或菌筒上的霉菌发生时应通风换气。温度、湿度等环境因子有利于香菇生长发育时，香菇菌丝生活力旺盛，抗性强，杂菌就不易发生，反之，杂菌便会乘虚而入，迅速发生。因此，在日常管理工作中，尽可能创造适宜于香菇菌生长发育的环境条件也是一项很重要的预防措施。如要防止木霉的污染，可把接种后的菌袋先在16℃下培养，这时香菇菌丝可以生长，而木霉的孢子难以萌发，菌丝生长缓慢（木霉菌丝生长最适温度为25—30℃）， 待香菇菌丝体在培养料表面生长到一定程度后，再逐步提高温度，最后在25℃下培养到菌丝体长满全袋。如一开始就在25℃下培养，有利木霉菌丝的生长，则杂菌污染率就高。
减少菌丝未愈合时发生霉菌，采取将门窗关好(定量开窗通风几次)，除去覆盖的薄膜，待控制霉菌后再盖上的措施。若个别栽培块发生霉菌，不要急于处理，待菌丝愈合后再作处理，但需增加掀动薄膜的次数，并加强栽培室通风换气和降温减湿。
霉菌发生在栽培块或菌筒表面，尚未入料，一般可以采用pH 8～10的石灰清水洗净其上的霉菌，改变酸碱度，抑制霉菌生长。若霉菌严重，已伸入料内，可把霉菌挖干净，然后补上栽培种。霉菌特别严重的栽培块或菌筒，可拿到室外，用清水把霉菌冲洗干净，晾干2～3天后，再喷洒0.5%过氧乙酸(CH3COOH)可收到显著的防治效果。
在气温较高季节，培养室内菌袋排放不宜过高过密，以免因高温菌丝停止生长或烫伤，影响成品率。发菌5～6天后，结合翻堆要逐袋认真检查，发现污染菌袋随即取出。对污染轻的菌袋，可用20%甲醛或5%石碳酸或95%酒精注射于污染部位，再贴上消毒胶布。
对青霉、木霉污染严重的菌袋，添加适量新料后重新灭菌接种；污染链孢霉的菌袋，及时深埋。此外，要防鼠灭鼠，避免老鼠间接污染，对污染废弃的菌袋要集中处理，千万不能到处乱扔，以免造成重复感染。
环境中广泛存在着杂菌孢子，且随着食用菌生产的发展，杂菌种群数量和孢子密度都相应激增。因此在进行袋栽香菇生产时，不但要抓好原辅材料的贮藏，还应搞好制种制棒场所及冷却室、接种室、培养室等场所的内外卫生，以减少杂菌侵染的机会。
使空气中杂菌孢子的密度降得最低，是减少杂菌污染最积极有效的一种方法。装瓶消毒冷却，接种、培养室等场所，均需做好日常的清洁卫生。暴雨后要进行集中打扫。坚持每天在空中、地面用0.2%肥皂水或3%～4%石碳酸水溶液，5%甲醛，1∶500倍50%的多菌灵水溶液及5%～20%石灰清水等交叉喷雾或喷洒，将废弃物和污染物及时烧毁或浸入药水缸，以防污染环境和空气。同时，还要加强对广大菇农群防意识教育，禁止随地乱扔已污染杂菌的废菌棒，对已污染的废菌棒应及时深埋或焚烧，防止杂菌污染环境。
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