洋葱枯萎病病原菌生成菌丝、厚垣孢子和大小两种分生孢子。病菌以厚垣孢子形态留在土壤中，从伤口侵入洋葱。在大田，病菌还可以由蝇类幼虫食痕处侵染。
青苗染病，首先叶片一侧变色。不久全叶变色，萎蔫而枯死。根部退色，变细。鳞茎的根盘部及外侧，有1～2片鳞片褐变，上面生有白色霉层。轻症者地上部位生长不良，叫片弯曲。收获期的病株，根盘和鳞茎下部出现病斑，根部褐变枯死，白色霉层以根盘为中心扩散，病株易拔出。 架藏的洋葱，也从根盘部发病，呈灰褐变。鳞片基部呈灰褐色至淡黄色水渍状或干腐状腐烂。最后病球只剩下2-3片外皮而腐烂。
防治方法:消毒士壤，不可连作。除草、间苗时要小心，不要伤害秧苗。驱逐蝇类，控制病害发生。架藏要注意通风，同时，要驱除刺足根螨。
